Cilji Evropske unije so usmerjeni v zagotavljanje stabilnega, zakonitega in varnega okolja skozi:

• Sklad za azil, migracije in vključevanje (AMIF), ki prispeva k učinkovitemu upravljanju migracijskih tokov, skozi različne vidike skupne azilne politike in politike priseljevanja v Evropsko unijo. Prav tako podpira ukrepe povezane z azilom, zakonitim priseljevanjem in vključevanjem državljanov tretjih držav ter projekte s področja vračanja državljanov tretjih držav, ki nezakonito prebivajo na območju Evropske unije.
• Sklad za notranjo varnost (ISF), ki je usmerjen v krepitev prizadevanj držav članic za zagotavljanje največje možne stopnje varnosti v Evropski uniji. Sklad podpira ukrepe s področja upravljanja zunanjih meja, izvajanja skupne vizumske politike, policijskega sodelovanja, preprečevanja kriminala in boja proti težjim oblikam čezmejnega kriminala ter kriznega upravljanja in varovanje kritične infrastrukture Evropske unije.

Sredstva skladov se dodeljujejo prek projektov na podlagi:

• neposredne dodelitve zaradi posebne narave projekta oziroma tehnične ali administrativne pristojnosti (de jure, de facto monopol ali varnostni razlogi) Ministrstvu za notranje zadeve, Policiji, Ministrstvu za javno upravo, Ministrstvu za obrambo, Ministrstvu za zunanje zadeve, Ministrstvu za zdravje, Ministrstvu za delo, družino in socialne zadeve in Uradu Vlade Republike Slovenije za oskrbo in integracijo migrantov, in
• javnega razpisa v skladu z načelom nepridobitnosti.

V okviru Službe za evropska sredstva delujeta dve enoti:

Projektna enota za sklade notranje varnosti in migracije nastopa v vlogi organa upravljanja (odgovorni organ) in je zadolžena za upravljanje in nadzor nad izvajanjem nacionalnih programov skladov AMIF in ISF.

Ključne naloge so:

• programsko načrtovanje (priprava nacionalnih programov in akcijskega načrta),
• priprava in posodabljanje pravil za izvajanje skladov (nacionalna pravila, priročnik, navodila in postopkovniki),
• dodeljevanje sredstev skladov za projekte v okviru nacionalnih programov skladov na podlagi javnih razpisov oziroma neposredne dodelitve preko odločitev o podpori in pogodb o financiranju projektov,
• upravljanje elektronskega sistema za evidentiranje in shranjevanje računovodskih podatkov in podatkov o izvajanju projektov, ki se financirajo iz skladov (MIGRA II),
• zagotavljanje obveščanja in objavljanja o dosežkih skladov,
• izvajanje 100 % upravnega preverjanja izdatkov projektov, izkazanih v zahtevkih za povračilo,
• izvajanje operativnih in finančnih kontrol na kraju samem,
• priprava nalogov za prenos sredstev za povračilo prispevka EU iz namenskih podračunov skladov v nacionalni proračun in
• poročanje Evropski komisiji (zahtevki za plačilo letne razlike, letna poročil o izvajanju nacionalnih programov).

Oddelek za finančno kontrolo EU sredstev v skladu z evropsko in slovensko zakonodajo ter povezanimi internimi akti, vključno s sprejetim akcijskim načrtom na področju evropskih skladov notranjih zadev in sklenjenimi pogodbami z Evropsko komisijo, skrbi za finančno upravljanje in izvrševanje proračuna. Za projekte skladov AMIF in ISF kot tudi centralizirane evropske projekte se izvaja kontrola dokumentov z vidika upravičenosti stroškov. Poleg tega se potrjuje upravičenost izdatkov za financiranje iz proračuna Republike Slovenije in proračuna Evropske unije. V informacijskem sistemu MIFRA II se pripravljajo zahtevki za povračilo evropskih sredstev. 

Na ravni službe se končnim upravičencem nudijo strokovne usmeritve pri načrtovanju, izvajanju in poročanju znotraj projektov, sofinanciranih iz sredstev skladov. Prav tako je zagotovljeno medresorsko usklajevanje in sodelovanje z deležniki, ki poteka v okviru dveh koordinacijskih teles, in sicer Medresorske delovne skupine za koordinacijo in operativno usklajevanje izvajanja projektov, ki se financira iz sredstev skladov s področja notranje varnosti in migracij kot pripravljalne skupine, in Nadzornega odbora za spremljanje skladov s področja notranje varnosti in migracij kot odločevalskega telesa.