Agencija za okolje pomaga državljanom in državnim organom pri sprejemanju ustreznih odločitev, povezanih z okoljem. Spremlja stanje okolja in zagotavlja kakovostne javne okoljske podatke, varuje okolje, kakor zahtevajo predpisi, ohranja naravne vire in biotsko raznovrstnost ter zagotavlja trajnosten razvoj države. V te namene izvaja več kot dvesto vrst različnih upravnih postopkov, ki jih nalagata domača in evropska zakonodaja na področju okolja. Poleg tega celovito obravnava problematiko na področju podnebnih sprememb, ki so tudi posledica čezmernih izpustov toplogrednih plinov v ozračje; spremlja emisije, jih evidentira in s sistemskimi ukrepi vpliva na njihovo zmanjševanje. Pripravlja strokovne podlage s predlogi, kako se prilagoditi na spremembe okolja in ublažiti njihove negativne učinke. Spremlja, analizira in napoveduje naravne pojave in procese v okolju (vreme, kakovost in količino voda, potrese, kakovost zraka, podnebne spremembe ipd.) ter zmanjšuje naravno ogroženost ljudi in njihovega premoženja