Mednarodno sodelovanje je za državo zelo pomembno, saj omogoča povezovanje z mednarodnimi institucijami na področju zdravja.

V okviru uresničevanja sprejetih mednarodnih pravic in dolžnosti Republike Slovenije kot redne članice SZO poteka sodelovanje na najvišji politični ravni z udeležbo na političnih in upravnih zasedanjih organov odločanja SZO, ki zajema tudi strokovno posvetovanje z nacionalnimi institucijami in medresorsko usklajevanje. Poleg tega poteka sodelovanje med nacionalnimi in tujimi strokovnjaki tudi na strokovno-tehnični ravni, kjer se zagotavlja pretok, izmenjava in dostop do informacij, znanja, izobraževanj, izkušenj, dobrih praks, strokovnih mnenj, baz podatkov in ostalega strokovnega ter strateškega gradiva.

Iz naslova sodelovanja s SZO v okviru uresničevanja prioritetnih prednostnih področij iz Dveletnega sporazuma o sodelovanju med Regionalnim uradom SZO za Evropo in Ministrstvom za zdravje (sporazum), poteka tudi intenzivno vključevanje nacionalnih in tujih strokovnjakov pri organizaciji mednarodnih dogodkov in pripravi predlogov sprememb zdravstvenega sistema, nacionalnih strateških dokumentov in analiz (na primer Analiza zdravstvenega sistema iz leta 2016, podpora pri spremembah tobačne zakonodaje, osnutek Strategije razvoja osnovne zdravstvene dejavnosti v RS v 2021 in podobno). 

V službi pripravljamo, zbiramo in urejamo podatke, predloge in druga gradiva za sodelovanje s SZO. Ob tem skrbimo za pretok dokumentacije in informacij ter koordinacijo sodelovanja med ministrstvom ter domačimi in tujimi institucijami z organi SZO.

Koordiniramo mrežo strokovnjakov in izvajamo aktivnosti SZO v Sloveniji ter udeležbo predstavnikov Republike Slovenije na strokovnih dogodkih SZO v Sloveniji. 

V naši pristojnosti je skrbništvo nad proračunsko postavko, povezano s sodelovanjem s SZO.