V sektorju načrtujemo in spremljamo področje zdravstvenega varstva, zdravstvenega zavarovanja in pacientovih pravic. Skrbimo za zdravstveno varstvo ranljivih skupin (invalidi, nezavarovani, tujci, Romi, sodelovanje s humanitarnimi organizacijami). Pripravljamo in sprejemamo izhodišča za financiranje programov in storitev zdravstvenega varstva ter sodelujemo pri razvijanju modelov financiranja zdravstvenih dejavnosti. Izvajamo aktivnosti v okviru dogovarjanja o programu storitev obveznega zdravstvenega zavarovanja (splošni dogovor). Opravljamo naloge v okviru Komisije Republike Slovenije za varstvo pacientovih pravic. Izvajamo naloge na področju preprečevanja in obvladovanja bolnišničnih okužb, redkih bolezni ter načrtovanja in spremljanja paliativne oskrbe. Izdajamo odločbe o izravnavi.