Sodelujemo pri pripravi navodil, vsebinskih izhodišč in metodoloških navodil za letne finančne načrte javnih zdravstvenih zavodov ter izdajamo soglasja v zvezi s finančnimi načrti javnih zdravstvenih zavodov. Pripravljamo metodološka in vsebinska navodila za pripravo letnih poročil javnih zdravstvenih zavodov in primerjalnih analiz poslovanja javnih zdravstvenih zavodov. Sodelujemo pri pripravi gradiv s področja stroškov dela zaposlenih v javnih zdravstvenih zavodov in izdajo mnenj o zadolževanju javnih zdravstvenih zavodov. Usklajujemo in pripravljamo finančne projekcije sredstev obveznega zdravstvenega zavarovanja. Pripravljamo predloge za ministra, pristojnega za zdravje, v zvezi z imenovanjem in razrešitvijo predstavnikov ustanovitelja organov upravljanja javnih zdravstvenih zavodov, katerih ustanovitelj je Republika Slovenija, Javne agencije Republike Slovenije za zdravila in medicinske pripomočke ter Zavoda za zdravstveno zavarovanje Slovenije. Sodelujemo pri pripravi analize, kontrolinga in nadzora nad financiranjem programov in storitev zdravstvenega varstva v javnih zdravstvenih zavodih.