Na Sektorju  za varovanje obalnega morja izvajamo operativne naloge v zvezi z varstvom pred onesnaženjem morja in ukrepanjem ob nenadnem onesnaženju morja. Naloge izvajamo v notranjih morskih vodah in teritorialnem morju, razen v območju koprskega tovornega pristanišča. Naloge zajemajo odstranjevanje plavja, odpadkov in drugih opuščenih ali odvrženih predmetov in snovi iz morja ter čiščenje gladine morja in preprečevanje onesnaženja morja.