Med naloge Službe za kontrolo sodi koordiniranje in kontroliranje opravljanja kontrol na kraju samem na področju: neposrednih plačil, ukrepov programa razvoja podeželja, ukrepov programa Evropskega sklada za pomorstvo in ribištvo, intervencijskih in specifičnih ukrepov kmetijskih trgov, izravnalnih ter okoljskih plačil in izpolnjevanja pravil o navzkrižni skladnosti.

V Službi za kontrolo oblikujemo tudi priročnike, navodila in kontrolne liste za kontrolorje ter druge institucije, na katere je prenesena funkcija opravljanja kontrol na kraju samem. Izvajamo ocenjevanje rezultatov kontrol na kraju samem, pripravljamo poročila in analize o opravljenih kontrolah na kraju samem ter pripravljamo in izvajamo metodologije za izbiro vzorcev za kontrolo na kraju samem.

Kontrole na kraju samem se izvajajo pred in med končanim postopkom izvajanja ukrepa kmetijske politike ter po njem, v skladu s slovenskimi in evropskimi predpisi. V službi opravljamo tudi naknadni nadzor nad delom kontrolorjev in drugih institucij, na katere je prenesena funkcija opravljanja kontrol na kraju samem.