V vlogi nacionalnega organa upravljanja v ta proces vključujemo ministrstva, vladne službe in druge deležnike. Usklajujemo in spremljamo njihove aktivnosti pri uresničevanju kohezijske politike ter o tem poročamo vladi. Zagotavljamo pogoje za vzpostavitev, vzdrževanje in delovanje informacijskega sistema za spremljanje in vrednotenje izvajanja kohezijske politike. Vladi in ministrstvom svetujemo pri sprejemanju ukrepov in aktov, ki se nanašajo na izvajanje in spremljanje razvoja in kohezijske politike. Skrbimo tudi za usklajenost dokumentov razvojnega načrtovanja in skladnost nacionalnih dokumentov razvojnega načrtovanja z razvojnimi dokumenti Evropske unije in drugih mednarodnih organizacij. Opravljamo tudi naloge upravljanja za potrebe drugih finančnih mehanizmov, kot sta Norveški finančni mehanizem in finančni mehanizem evropskega gospodarskega prostora (EGP).