V vodah prisotna kemijska onesnaževala zastrupljajo vodne organizme ter povzročajo kopičenje nevarnih snovi v njih. Vode predstavljajo življenjski prostor številnim organizmom, med njimi tudi zelo majhnim, kot so npr. diatomeje, zelene alge, raki in ličinke žuželk. Ker gre tudi za zelo majhne organizme, ki stalno živijo v vodi, so zanje nevarne že zelo nizke koncentracije nevarnih snovi. Standardi kakovosti oz. mejne vrednosti za površinske vode so določeni tako, da ščitijo tudi najmanjše v vodi živeče organizme.  Če torej zmanjšamo onesnaženje do te mere, da je  vodno okolje varno za ta bitja, bodo na varni strani tudi ostale vodne rastline in živali.

Direktiva o vodah določa strategijo za preprečevanje onesnaževanja voda. Del te strategije je opredelitev in spremljanje t.i. prednostnih snovi v vsej Evropski uniji. Trenutno je določenih 45 snovi, ki pomenijo znatno tveganje za vodno okolje in za katere so določeni enotni standardi kakovosti.

S spremljanjem nevarnih snovi določamo kakovost vode. Enajst od teh snovi pa je v vodi slabo topnih in jih je z običajnimi analitskimi metodami težko izmeriti v nizkih koncentracijah. Hkrati so te snovi zelo strupene in se kopičijo v prehranjevalni verigi. Zato te snovi določamo v  ribah ali mehkužcih. Na osnovi vseh rezultatov se za površinske vode ocenjuje kemijsko stanje, ki je lahko dobro ali slabo.

Rezultati monitoringa kemijskega stanja površinskih voda v Sloveniji v splošnem kažejo, da sta snovi, ki povzročata slabo kemijsko stanje, živo srebro in bromirani difeniletri v bioti. Sta vsesplošno prisotni onesnaževali in se akumulirata v organizmih. Podobno stanje ugotavljajo v vseh evropskih državah, ki so že izvedle analize teh snovi v ribah. Obstojne, bioakumulativne in strupene snovi (PBT) bo še desetletja mogoče najti v vodnem okolju, čeprav so bili že sprejeti ukrepi za zmanjšanje in odpravo takih emisij.

Evropa je v zadnjih desetletjih naredila pomemben korak pri omejevanju emisij živega srebra. Največji uporabnik živega srebra je Azija, Evropski delež znaša le 5% svetovnega. Živo srebro je zelo obstojno in ostane v okolju še mnogo let po tem, ko je bilo emitirano. Ko se emitira v zrak, se lahko prenaša na velike razdalje, kar pomeni, da imajo emisije živega srebra globalni vpliv. Tako v Sloveniji kakor tudi v ostalih evropskih državah je v organizmih prisotno v koncentracijah, ki presegajo mejno vrednost za površinske vode. 

Bromirani difeniletri (BDE) so se v preteklosti uporabljali kot zaviralci gorenja v široki paleti izdelkov: v plastiki, pohištvu, električni opremi, elektronskih napravah, tapetništvu, tekstilni industriji in drugih gospodinjskih izdelkih. BDE lahko uhajajo iz proizvodov že med njihovo proizvodnje, med uporabo in tudi ko jih zavržemo. Tako prehajajo v okolje, kjer so obstojni, se bioakumulirajo ter prenašajo po prehranski verigi.

Uporaba tehničnih mešanic BDE je v Evropski uniji prepovedana. Sproščanje teh snovi v okolje pa povzročajo že obstoječi proizvodi, odlagališča, sežigalnice.

V primeru vsesplošno prisotnih snovi, kot sta živo srebro in BDE, bo ukrepe potrebno nasloviti globalno, sicer izboljšanja ni pričakovati. Zato imamo države možnost, da kemijsko stanje prikazujemo brez vsesplošno prisotnih snovi. Tako postanejo bolj očitna druga onesnaževala, za katera pa lahko sprejmemo učinkovite ukrepe. Če torej izvzamemo vsesplošno prisotne snovi, so na podlagi monitoringa za leto 2019 razlogi za slabo kemijsko stanje površinskih voda sledeči: kadmij in svinec v Meži in nekaterih pritokih, aklonifen v Žabniku, terbutrin v Mlinščici in nikelj v Iščici in Podvinu.

Druga skupina onesnaževal, t.i. posebna onesnaževala, za katere so mejne vrednosti določene samo na nacionalnem nivoju, se vrednotijo v oceni ekološkega stanja. Na podlagi posebnih onesnaževal površinske vode razvrščamo v tri razrede kakovosti in sicer v zelo dobro, dobro in zmerno stanje. V kolikor je določeno zmerno stanje, je potrebno ukrepati.

V letu 2019 so bila posebna onesnaževala ocenjena za 123 vodnih teles površinskih voda. Zelo dobro stanje je bilo določeno za 37 vodnih teles, dobro za 70 vodnih teles, zmerno pa za 13 vodnih teles. Snovi, ki so bile razlog za zmerno stanje površinskih voda v Sloveniji v letu 2019 so: fluorid v Murici, metolaklor v Ledavi, Kobiljanskem potoku in Sotli, kobalt v Kobiljanskem potoku, Veliki Krki in Temenici, cink v Helenskem in Junčarjevem potoku ter v Temenici, glifosat v Žabniku, molibden v Paki ter sulfat v Paki, Voglajni in Hudinji.