Od takrat se je na področju carin spremenilo veliko. Prelomno je bilo leto 2004, ko se je Slovenija vključila v EU in postala del enotnega carinskega območja EU. Carinska uprava je leta 2014 z združitvijo z davčno upravo postala del Finančne uprave RS in se primerno kadrovsko in organizacijsko preoblikovala.

Osnovno poslanstvo carinske službe znotraj FURS ostaja učinkovita zaščita finančnih interesov Slovenije in EU. Odgovorna je tudi za zaščito pred nepravično in nezakonito trgovino, za zagotovitev varnosti in varstva Unije in njenih prebivalcev ter varstvo okolja. Carina si  prizadeva za visoko raven dela pri preprečevanju nelegalnih blagovnih tokov, hkrati pa s podporo zakoniti poslovni dejavnosti skuša omogočiti čim hitrejši pretok blaga.

Slovenija je glede pospeševanja trgovine, ciljnega izvajanja kontrol in hitrosti obdelave posameznih carinskih deklaracij v samem vrhu Evropske Unije. Carinski elektronski sistemi so na razpolago 24 ur na dan in vse dni v letu, carinske deklaracije so obdelane v nekaj minutah, nivo določenih kontrol pa je sorazmerno nizek in znaša le dobre 4% vseh transakcij. Kar dobrih 80% izvedenih kontrol pa temelji na avtomatizirani elektronski analizi tveganja, torej na predhodni obdelavi podatkov, s katerimi razpolaga FURS.

Poleg pobiranja dajatev je v ospredju predvsem skrb za varnost in varstvo državljanov EU. Tako je FURS v preteklem letu zasegla 110 kg drog, čez 2 milijona nelegalnih cigaret, v 42 primerih je bil uvoz prepovedan zaradi neustreznosti oziroma nevarnosti blaga. Zadržanih je bilo tudi 700.000 kosov ponarejenega blaga v ocenjeni vrednosti 51 milijonov EUR. Veliki napori službe se v zadnjem času vlagajo v odkrivanje uvoznega blaga, ki je očitno podcenjeno z namenom, da se na ta način izogiba plačilu uvoznih dajatev v zakonsko predvideni višini, kar je zaznano kot vsesplošen problem pri uvozu blaga v EU.

V luči partnerstva z gospodarstvom FURS skrbi tudi za usposabljanje strokovne javnosti z vsakoletnimi brezplačnimi predavanji s področja carinske zakonodaje ter s posveti v okviru vzpostavljene kontaktne skupine za gospodarstvo.