V Sektorju za kontrolo smo zadolženi za sistem preverjanj v okviru izvajanja evropske kohezijske politike in drugih finančnih mehanizmov. Preverjanja, ki se izvajajo administrativno in na kraju samem, obsegajo pregled upravičenosti izdatkov na projektih in programih, skladnosti s pravili Evropske unije, programskimi pravili in nacionalnimi pravili. Preverja se tudi morebitno dvojno financiranje. 

V oddelku za kontrolo Cilja 1 - Naložbe za rast in delovna mesta skrbimo za učinkovit sistem preverjanj v okviru Operativnega programa za izvajanje evropske kohezijske politike 2014-2020. Spremljamo in nadziramo izvajanje preverjanj po ministrstvih, vključenih v izvajanje evropske kohezijske politike.

V oddelku za kontrolo Cilja 2 - Evropsko teritorialno sodelovanje smo zadolženi za opravljanje prvostopenjske kontrole slovenskih upravičencev v okviru programov evropskega teritorialnega sodelovanja, programov Norveškega finančnega mehanizma in Finančnega mehanizma Evropskega gospodarskega prostora.