Zavod deluje že od leta 1996 in samostojno opravlja gospodarsko javno službo. Poslovanje in delo Zavoda vodi direktor, ki ga imenuje in razrešuje Vlada RS, nadzorstvo nad Zavodom pa izvršuje Ministrstvo za gospodarski razvoj in tehnologijo.

Anton Zakrajšek je bil na položaj direktorja Zavoda imenovan za mandatno obdobje štirih let in sicer od 1. 9. 2017 do 31. 8. 2021. V najbolj kriznih časih od pojava epidemije koronavirusa je Zakrajšek Zavod vodil od doma, saj mu je bila zaradi okužbe s COVID-19 odrejena samoizolacija. Ne glede na okužbo je aktivno sodeloval pri vseh poslovnih odločitvah in vodil Zavod, saj se je dobro počutil in ni imel hujših zdravstvenih težav. To je tudi sam javno povedal.

V tem času je Anton Zakrajšek sprejel nekatere poslovne odločitve, za katere je Ministrstvo za gospodarski razvoj in tehnologijo opazilo, da niso rezultat odgovornega upravljanja. Na nepravilnosti je bil opozorjen tudi g. Ivan Gale, ki ga je direktor za čas svoje odsotnosti pooblastil za vodenje Zavoda. Anton Zakrajšek se do današnjega dne še vedno ni vrnil na delovno mesto, saj je takoj po končani samoizolaciji, uveljavil bolniški stalež. Temu je sledila še bolniška odsotnost Ivana Galeta. Minister Zdravko Počivalšek je dne 20. 4. 2020 prejel prošnjo za razrešitev s strani Antona Zakrajška, ki je v pojasnilih za svoj odstop navedel, da zaradi zdravstvenih razlogov ne more zagotoviti konstruktivno in odgovorno vodenje Zavoda.

Zdravko Počivalšek je povedal: »Dejstvo je, da mora nabava zaščitne opreme v prvi vrsti potekati transparentno. Od vseh, ki so v ta postopek vključeni pričakujem, da bodo svoje delo opravili kvalitetno, strokovno in z najvišjo mero skrbnosti. Ministrstvo, ki ga vodim, bo z namenom spoštovanja načel zakonitosti, preglednosti, učinkovitosti in gospodarnosti okrepilo nadzor nad Zavodom in izvedlo tudi notranjo revizijo postopkov Zavoda. Kljub težkim razmeram, ki so posledica pojava epidemije, smo in bomo naredili vse, kar je v naši pristojnosti, da bomo zagotovili odgovorno finančno poslovanje Zavoda. Vse to z namenom, da omogočimo transparentno in nemoteno dobavo zaščitne opreme za  področje zdravstva, sociale in civilne zaščite«.

Ministrstvo za gospodarski razvoj in tehnologijo je Zavodu, skupaj z ostalimi resornimi ministrstvi, diplomatskimi predstavništvi v tujini in gospodarstveniki, nudilo celovito podporo pri nabavi zaščitne opreme. Delo in poslovne odločitve Zavoda pa so privedle do velike izpostavljenosti nekaterih državnih organov, tudi vodstva Ministrstva za gospodarski razvoj in tehnologijo, pod okrilje katerega spada Zavod.

Ministrstvo za gospodarski razvoj in tehnologijo bo poleg vseh aktivnosti in ukrepov, ki jih v okviru svojih pristojnosti izvaja za zajezitev vpliva epidemije koronavirusa, še naprej nudilo celovito podporo v postopku nabave zaščitne opreme.