Skoči do osrednje vsebine

Superračunalnik Vega v boju zoper COVID-19

Preizkusno obdobje delovanja slovenskega najzmogljivejšega superračunalnika Vega so na Institutu informacijskih znanosti skupaj v sodelovanju z Institutom Jožef Stefan pod okriljem konzorcija SLING izkoristili za pomoč pri iskanju zdravila za COVID-19. O izrednem doprinosu sistema HPC Vega v tem obdobju je bilo govora tudi v mednarodnem laboratoriju CERN.

V preizkusnem, pripravljalnem obdobju je superračunalnik Vega, uradno predan v uporabo 20. aprila (posnetek otvoritve) nudil računske zmogljivosti ambiciozni pobudi COVID Moonshot za pospešitev razvoja protivirusnega zdravila COVID. Pomoč je bila realizirana preko projekta porazdeljenega računalništva Folding@Home, kjer se računske kapacitete uporabljajo za simulacijo dinamike beljakovin, vključno s postopkom zlaganja beljakovin in gibanjem beljakovin, vpletenih v različne bolezni. Na spletni strani Folding@Home so vse od 12. marca letos zapisali:

»Računalniško moč Folding@Home osredotočamo na SARS-CoV-2, virus, ki povzroča COVID-19, in človeške beljakovine, s katerimi virus sodeluje. Najprej smo odkrili nove proteinske strukture, ki prej niso bile dostopne raziskovalni skupnosti. Z vašo pomočjo zdaj v okviru sodelovanja COVID Moonshot preverjamo potencialna zdravila, ki ciljajo na te strukture. Skupaj smo ustvarili najmočnejši superračunalnik na planetu in z njim pomagamo razumeti SARS-CoV-2/COVID-19 in razviti nove terapije. Potrebujemo vašo pomoč in si prizadevamo za močno, patentirano zdravilo.«

Sistemi konzorcija SLING so že nekaj let vključeni v prizadevanja projekta Folding@Home. S krajšo izvedbo stresnega testa računske particije z grafičnimi pospeševalniki na sistemu HPC Vega je ta pripomogel k povečanju vzajemne računske moči. Prispevek HPC Vega v maju 2021 je razviden, saj je bilo zasedeno 5. mesto na lestvici donatorjev (dvig za 198 mest).

Prikaz največjih donatorjev in največjih podpornih skupin projekta Folding@Home

Lestvica na spletni strani: Folding@Home https://stats.foldingathome.org/ | Avtor Folding@home

Stresni test osnovne računske particije HPC Vega pa je razveselil tudi znanstvenike iz mednarodnega laboratorija CERN, ustanovljenega leta 1954. V laboratoriju že vrsto let izvajajo projekt ATLAS, ki predstavlja enega od štirih glavnih poskusov na Velikem hadronskem trkalniku (LHC) v CERN-u. Gre za mednarodno sodelovanje pri eksperimentu fizike delcev za splošno uporabo. Za znanstvene izračune v projektu ATLAS se uporabljajo superračunalniki po celem svetu. V interni predstavitvi trenutnega stanja izvedenih računskih nalog sta znanstvenika Dr. Zachary Marshall (Lawrence Berkeley National Laboratory) in Dr. Alessandro Di Girolamo (CERN) prikazala tole sliko:

S slovensko zastavo je Slovenija predstavljena na prvem mestu s skoraj 3,8 milijona opravljenih nalog za projekt ATLAS, pred Švico, ZDA in Nemčijo.

Graf izvedenih nalog v okviru projekta ATLAS konec aprila 2021, interna dokumentacija CERN. | Avtor CERN

Superračunalnik Vega na Institutu informacijskih znanosti je delno sofinancirala Evropska unija iz Evropskega sklada za regionalni razvoj ter Ministrstvo za izobraževanje, znanost in šport v okviru Operativnega programa za izvajanje evropske kohezijske politike 2014-2020, obenem pa je prvi superračunalnik, ki ga je sofinanciralo skupno podjetje EuroHPC. Z njim Slovenija pridobiva na mednarodni veljavi na tem področju.