V skladu z direktivo morajo države članice zagotoviti, da mestne aglomeracije (večja območja naselitve) ustrezno zbirajo in čistijo svojo odpadno vodo ter tako odpravijo ali zmanjšajo vse njene neželene učinke. Slovenija je na podlagi novo sprejetega Operativnega programa odvajanja in čiščenja komunalne odpadne vode že sprejela prednostni vrstni red izvajanja ukrepov za zagotovitev skladnosti glede na zahteve direktive. Občine bodo morale, in sicer ob pomoči evropskih kohezijskih sredstev in države, na področju odvajanja in čiščenja komunalne odpadne vode, vse investicije usmeriti v izgradnjo javno kanalizacijskega omrežja in komunalnih ali skupnih čistilnih naprav na tistih območjih poselitve, ki jih je Ministrstvo za okolje in prostor na podlagi preliminarne ocene skladnosti ocenilo kot neskladne. V prvi polovici tega leta se tako načrtuje tudi nadaljevanje akcije nadzora odvajanja komunalnih odpadnih vod po javni kanalizaciji.

Slovenija bo imela po prejemu tožbe približno dva meseca časa, da pripravi odgovor na tožbo. Slovenijo bo v postopku pred Sodiščem EU zastopalo Državno odvetništvo Republike Slovenije. V sodnem postopku bo Sodišče izdalo sodbo o obstoju ali neobstoju kršitve. V primeru sodne potrditve kršitve bo Slovenija dolžna kršitev kar najhitreje odpraviti.