Nel Settore per la salvaguardia delle acque costiere svolgiamo le mansioni operative relative alla salvaguardia del mare dall'inquinamento e ai provvedimenti presi nel caso di inquinamento improvviso del mare. Svolgiamo i compiti nelle acque marittime interne e nel mare territoriale, ad eccezione dell'area del porto merci di Capodistria. I compiti comprendono la rimozione dal mare dei detriti, dei rifiuti e di altri oggetti e sostanze abbandonate e gettate, la pulizia della superficie e la prevenzione dell'inquinamento del mare.