Severnoatlantsko zavezništvo je v Makedoniji prisotno od leta 1999, kot posledica krize na Kosovu. V letu 2002 se je formiralo Natovo poveljstvo v Skopju (NATO HQSk), ki je v največjem obsegu štelo več kot 300 zaposlenih. Zaradi napredka na področju obrambnih reform v Makedoniji (na vrhu Nata v Bukarešti leta 2008 je bilo namreč sklenjeno, da se Makedonijo povabi v Nato takoj, ko bo ta razrešila spor glede imena z Grčijo) in zmanjševanja potreb po zaledni podpori sil na Kosovu se prisotnost Nata tudi v Makedoniji zmanjšuje.

Najpomembnejši nalogi NATO HQSk sta podpora Makedoniji pri preoblikovanju obrambno-varnostnega sektorja in pomoč državi na njeni poti približevanja zavezništvu. V zvezi s tem poveljstvo intenzivno sodeluje z makedonskimi ministrstvi za obrambo ter notranje in zunanje zadeve, z makedonskim ministrstvom za transport in komunikacije pa usklajuje Natovo izvajanje programa obnove cestne infrastrukture v Makedoniji (sofinanciranje izgradnje cest in mostov). Naloga poveljstva je tudi podpora Natovim operacijam in misijam na območju Zahodnega Balkana (predvsem KFOR) ter spremljanje uresničitve Ohridskega okvirnega sporazuma, ki je bil podpisan po medetničnem konfliktu leta 2001 med predstavniki albanske skupnosti in predstavniki Makedonije.

Slovenija v NATO HQSk sodeluje od novembra 2009, ko je napotila pripadnika v Natovo svetovalno ekipo (področje logistike).