V sektorju za izvrševanje kazenskih sankcij sodelujemo pri pripravi predlogov zakonov in podzakonskih aktov, s katerimi se ureja izvrševanje kazenskih sankcij in odločanje o pomilostitvah. Spremljamo in pripravljamo potrebna gradiva za izvrševanje amnestij in pomilostitev. Delujemo pa tudi kot pritožbeni organ, saj odločamo o pritožbah obsojencev zoper odločbo o premestitvi in zoper odločbo o izrečeni disciplinski sankciji. Prav tako odločamo o pritožbah obsojencev zoper odgovore Uprave za izvrševanje kazenskih sankcij in lahko opravljamo nadzor, s katerim ocenjujemo zakonitost ravnanja z obsojenci.